De 24 a 26 de Fevereiro, o Papa deslocar-se-á ao Cairo e ao Monte Sinai, no Egipto. Visitará o mosteiro cristão grego ortodoxo de Santa Catarina, no sopé do Monte Sinai, onde Moisés acolheu "a revelação do Nome de Deus". Este mosteiro do século VI tem uma das bibliotecas religiosas mais importantes do mundo, com 2289 manuscritos gregos e mais de 850 árabes e dois mil diplomas árabes e turcos. Além de encontrar-se com as autoridades civis e religiosas locais, o Papa presidirá a uma cerimónia ecuménica na igreja de Nossa senhora do Egipto, no Cairo.
O Papa manifestou vontade de ir a Ur, no Iraque, a cidade natal de Abraão, mas não foi autorizada esta viagem por motivos de segurança, ainda que João Paulo II continue a dizer que quer visitar Ur durante este Jubileu.
De 20 a 26 de Março, João Paulo II visitará a Terra Santa, devendo deslocar-se à Jordânia, Israel e ao Território Autónomo da Palestina.Na Jordânia, João Paulo II visitará o Mosteiro do Monte Nebo e celebrará a Eucaristia no estádio de Amman. Depois, presidirá à celebração eucarística em Belém, no Cenáculo (de Jerusalém), no Monte das Bem-aventuranças (na Galileia), na basílica da Anunciação (em Nazaré) e no Santo Sepulcro (em Jerusalém), acompanhado pelos membros da Assembleia dos Ordinários Católicos da Terra Santa. O Papa deslocar-se-á ainda até junto do Muro Ocidental ("das Lamentações") e também da Mesquita El Aqsa, a fim de cumprimentar as autoridades religiosas do Judaísmo e do Islamismo. João Paulo II encontrar-se-á também com o Rei da Jordânia, com o Presidente do Estado de Israel, com o Presidente da Autoridade Palestiniana e com o Primeiro-ministro de Israel.